Ya en época romana, cuando Córdoba era Colonia Patricia y capital de la Bética (siglo I d.C.) esta zona fue centro de interés comercial debido a la proximidad del río y al cruce de caminos que confluían en la entrada a la ciudad. En el lugar donde hoy se alza la monumental Puerta del Puente, en su día había una gran plaza de unos 35 por 50 metros, cerrada en su lado sur por otra puerta del puente, esta de tres vanos. A sus pies, una escalinata bajaba al río.
En época musulmana, la puerta fue conocida como Bab al-Qantara.
La que ahora remplaza a sus antecesoras fue construida en 1575 para conmemorar la visita del rey Felipe II a la ciudad. Al haber quedado aislada de la muralla, derruida por completo en 1912, tiene más aspecto de arco triunfal más que puerta de acceso.
Es una construcción de tres cuerpos realizada por Hernán Ruiz III en piedra arenisca. El lado que mira al río es el original. El que mira a la Mezquita-Catedral es un añadido de 1928. En 2007 fue restaurada y en su interior se habilitó un pequeño museo y un mirador con una lujosa vista del río y el puente.
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